Heize den Ofen auf 180 °C vor.
Koche die Muschelnudeln in einem großen Topf mit gesalzenem Wasser, bis sie al dente sind. Gieße sie ab und stelle sie zur Seite.
Erhitze das Olivenöl in einer Pfanne und brate die Zwiebel und den Knoblauch darin an, bis sie weich sind.
Füge den Spinat hinzu und lasse ihn kurz zusammenfallen. Nimm die Pfanne vom Herd und lasse die Mischung abkühlen.
Vermische in einer Schüssel den Ricotta, das Ei, den Parmesan, den abgekühlten Spinat sowie Salz, Pfeffer und Muskatnuss zu einer homogenen Füllung.
Gib die passierten Tomaten gleichmäßig in eine Auflaufform.
Fülle jede Muschelnudel mit der Ricotta-Spinat-Mischung und platziere sie in der Auflaufform.
Bedecke die gefüllten Nudeln mit der restlichen Tomatensauce und streue etwas Parmesan darüber.
Backe das Ganze im vorgeheizten Ofen für etwa 25-30 Minuten, bis die Oberseite schön goldbraun ist.